如道を開基とする大町専修寺より分寺したもので、専修寺三代の良金が「先祖ノ掟ヲ背」（「中野物語」）いたため、永享七年（一四三五）足羽郡蕗野保中野村に浄一を開基として創建され、如道以来の秘事法門も当寺が継承した。浄一は帆山寺（武生市）の道願の子とも、如道の三男ともいわれ、帆山の誓願寺、河北の専光寺、社の専通寺の長老等が浄一を擁立したという。天正十年（一五八二）北庄堀小路に移り、享保九年（一七二四）現在地に移転した（福井市みのり二丁目）。元禄二年「専照寺は如道開起故、親鸞上人尊敬申者は本意に背き申す」（「中野物語」）との専照寺の主張に反対して、翌年、末の専超寺・清水山専伝寺等が真宗西派に、若杉専通寺が浄土宗に転宗した。享保十六年の「当寺末寺先規坐帳之外近代之末寺数改日記」（専照寺文書）には、越前国内において新出村誓願寺・東下野村恵光寺・西大井村専蓮寺など二一か寺の末寺が記載されている。