前述したように、民衆の身分を保証する制度としても機能した宗門改制は寺請をともなうものであり、身分を保証する側の諸寺院を把握し寺院身分として統制することは、諸藩にとって不可欠であった。 　寛文四年以前の宗門改の実施を示す史料によれば、一身田専修寺との本末争いに敗れ、幕府により破却などの処分を受けたはずの旧畠中専修寺派が無本寺として活動し、万治二年の「越前之国在々所々宗旨改」のさいに宗判権を行使し、「一向宗宮方法性寺」などという寺号を名乗って寺請を行っていた（法雲寺文書　資５）。旧畠中専修寺派の寺院は表向きは「一カ寺一人も無御座筈」であったが、法性寺のようないわば「私寺」が寺請を行う段階の宗門改は制度的には不完全なものであった。そこで、福井藩は寛文五年に宗門改の実施にさいして、諸宗の触頭格の寺院から末寺の書上を提出させ寺院身分の確定を図った（本山毫摂寺文書　資６、「滝谷寺末寺覚」滝谷寺文書）。このように、どの宗派にも属さない寺を私寺として禁止するためにも、福井藩は諸宗触頭から末寺書上を徴して諸宗末寺を把握したが、これが宗門改の本格的実施の前提となるべきものであった。 　小浜藩でも寛文六年に藩領内全村の村高と寺社を改め、神社の場合には祭礼日を、寺院の場合には宗派を改めている（「小浜藩領村々寺社書上」大野治雄家文書）。さらに延宝三年（一六七五）には領内すべての寺社から開基や由来を記した由緒書を徴し、その把握を進めた（「若州管内社寺由緒記」「寛文雑記」）。天和二年（一六八二）三月に大野藩主松平直明が明石に移封され、土井利房が入封するさいには、領内寺院の寺号とともに宗派・本寺を記し宗門改のさいの宗判と寺号を照合するために捺印した「寺方改帳」も松平家から土井家へと引き継がれている（「大野領寺社記并雑記」）。また、享保五年（一七二〇）に成立した鯖江藩では、翌六年には寺社改を実施し領内寺社の把握を図った（『鯖江藩寺社改牒』）。