太閤検地によって、越前・若狭の中世的寺社領はいったん没収されたが、有力寺社の屋敷地と若干の寺社領が検地の対象から除外されて免租地となった。このような土地を除地といい、寺社の特権として公認された。慶長三年段階の越前で屋敷地除地の特権を得たのは足羽郡の専照寺・寿岳院・心月寺、坂井郡の性海寺・滝谷寺、丹生郡の劒社・大谷寺・天王社、今立郡の長泉寺（西専坊）・水落神明社、大野郡の恵光寺、敦賀郡の西福寺などであった。また、北庄諸寺庵の屋敷地も検地のうえ地子免除とされた。その他の若干の寺院も徐々にではあるが、境内地・屋敷地除地の特権を獲得していった。 　慶長八年正月秀康は越前一の宮気比社と常宮社の再建を命じ、また同時に領内の二四の有力寺社に寺社領を寄進した（「家譜」など）。将軍の朱印状によって寄進された寺領が公儀朱印地と呼ばれたのに対し、藩主によって寄進された寺領は一般的には黒印地と称されたが、福井藩では藩主の朱印状によって寄進された寺領も朱印地と称された。朱印地・黒印地ともそれぞれ将軍・藩主のほぼ代替りごとに改められ、朱印状・黒印状の再交付（継目安堵）が行われた。万治二年（一六五九）に松平光通は領内寺社に対して朱印状や禁制を再交付したが（「寺社并地下人御朱印之案」松平文庫）、初期に朱印地・禁制を得た寺は下総結城からの分寺・移転寺院など、藩との特別なつながりをもつ寺が多かった。

写真156　結城秀康寄進状

京極氏は慶長五年十一月以降領内寺社に対し禁制を発し、寺領の寄進・安堵を行い、続いて酒井氏も先例に準じて寺領安堵を行っていった。京極氏以降、領内寺社に対する保護は様々なかたちで行われており、酒井忠勝は将軍家光の四二歳の厄年にあたる正保二年（一六四五）には、雲浜天神・小浜八幡・西津大明神・西津弁才天・遠敷上下大明神（若狭彦社、若狭姫社）・明通寺、上瀬（宇波西）大明神、佐柿山王宮の修理を指示している（「酒井忠勝書下」）。 　一方、幕府は家康の代から諸国寺社に対して本格的に朱印状を交付し、寺領を与えていった。越前では、二尊寺寿福院が別当として支配する福井神明社が元和九年（一六二三）の忠直改易直後に一〇〇石、平泉寺賢聖院の支配する白山社が寛永元年二〇〇石の朱印地寄進を受けた（『平泉寺文書』）。若狭では将軍家光の叔母に当たる京極高次の妻常高院の菩提を弔うため寛永七年に創建された常高寺に、同十五年二月に近江蒲生郡長田村のうちに三〇〇石の朱印地が与えられた（常高寺文書　資９）。鯖江誠照寺は松平綱昌から二四石余の寄進を受けていたが、福井藩の半知により貞享三年（一六八六）以降、誠照寺の所在地の西鯖江村は幕府領となり、寺地は藩主黒印地の対象外となった。そこで誠照寺は、宝永二年（一七〇五）四月に寺地を朱印地として認められるよう幕府老中に働きかけた（誠照寺文書　資５、『越藩史略』）。その結果、ようやく享保四年（一七一九）に同寺に朱印状が下付された。 　寺社領は近世を通じほぼ維持されたようであるが、除地が存続をそのまま認められたわけではなかった。大野郡の恵光寺の場合、寛永三年の大野藩の寺社屋敷地検地によって従来除地となっていた屋敷地が地子地化された（「寺町名寄帳」）。また、福井藩の半知のさいには領地収公のため除地改が実施された（「府中寺社除地之覚」武生市史編さん室所蔵文書）。このように近世の寺社も検地や減封など各藩の政策や政治動向の影響を多少とも受けたのである。