信長の本知安堵の朱印状が出される場合には、光秀等三人衆に伝えられ、この三人衆は朱印状の旨に任せて年貢などを収納すべしという連署状を発している（横尾勇之助氏所蔵文書）。しかし右に述べた宝慶寺の例についていえば、光秀等三人衆は信長の朱印状が出される前に、宝慶寺領一〇〇石について年貢などの収納を認める連署状を出しており（寳慶寺文書　資７）、また九月十九日には三国湊の滝谷寺領についても当知行に任せて年貢などを収納することを保証しているから（滝谷寺文書　資４）、国内の寺社領については信長朱印状によって知行地が権利として確定することとは別に、年貢収納安堵をなしうる権限をこの三人衆はもっていたものとみられる。 　九月下旬になると、明智光秀も滝川一益も合戦のため越前を離れた。これ以前から敦賀郡において秀吉の指示を受けて戦後処理に当たっていた木下祐久は、織田寺社領について信長と織田寺社を仲介する役割を果たすようになっていた（劒神社文書　資５）。また九月末より津田元嘉が長泉寺西泉坊や（中道院文書　資５）、今立郡大滝社の所領安堵を報じており（大滝神社文書　資６）、三沢秀次が十月一日に大野郡折立称名寺の佐々木蔵人に対して信長朱印状が出されることを告げて、本知の支配を保証している（稱名寺文書　資７）。これらのことから、九月末よりそれまでの秀吉・光秀・一益に代って、木下祐久・三沢秀次・津田元嘉の三人がそれぞれの代行者として、その任に就いたことがわかる。彼等は北庄の朝倉景行の旧館にいたので「北庄ノ奉行信長殿御内三人衆」（「朝倉始末記」）、あるいは「北庄ノ三奉行」（「總見記」）と呼ばれた。彼等三人衆は十一月十二日に連名で（ただし三沢秀次の花押なし）橋本三郎左衛門の本知の年貢収納を信長朱印状に任せて安堵しているが、その連署状の末尾において、年貢納入に抵抗する農民があるならば「必ず処罰するとのことである」という奉書形式の文言を用いており、国内武士に対する態度は元の三人衆より弱かったものかと推定される（橋本文書）。また寺社に対しては連署状がみられないので、地域的な担当区分がなされていたのかもしれない。 　この北庄三人衆は特定の所領支配に関与しておらず、また国内から反銭・屋銭・人夫などを徴発することもなく、したがって寺社・給人の所領に違乱がある時に上使を派遣することはあっても、代官や奉行など恒常的な支配組織を備えてはいなかったものと考えられる。この意味で彼等三人衆は、信長の意向を越前に伝えるとともに、越前の状況を監視する目付としての役割を果たしていたのである。