明治初期においては医師の大部分が漢方医であった。したがって、「開化」政策を推しすすめる政府にとって、西洋医の育成は急務となった。「医制」においても西洋医育成のための医学校についての規定が詳細になされていた。敦賀県でも、明治六年（一八七三）八月に出された諭達で、漢方医を「旧古冥漠不切ノ法ニ拘泥シテ世ニ日新究理ノ法アルヲ知ラス」と非難し、「ツトメテ洋法ニ入学シ医術研究治療明了ニシテ然ル後西学一途ニ帰スベシ」と西洋医術を講究すべきことを説いている（敦賀県第一一二号）。 　政府は九年一月、各府県に「医師開業試験法」（内務省達乙第五号）を達し、新たに医師になろうとする者には試験を課すことを義務づけた。ここでいう医師とは、もちろん西洋医であり、試験合格者には内務省の免許があたえられた。ただし、医師の大部分を占めている「従来開業医」の存在を否定することはできず、彼らには試験を要せず府県限りの免許があたえられた。その後、諸官庁および地方公立病院に奉職する者など、特定の条件を備えた者には試験を要せずに内務省の免許をあたえることも定められた。こうして政府は将来的に内務省免許医が従来開業医にとって代わることを待ったのである。

図11　福井県の医師数（明治14−38年）

福井県においても図11で明らかなように、明治前半期においては、従来開業医が内務省免許医を上回っており、両者が逆転するのは三十年代に入ってからのことであった。なお、十四年については『福井県衛生第一年報』によって、従来開業医の内訳が明らかになっているが、それによると、従来開業医五一〇人のうち漢方医三二三人、洋方医一七三人、雑法医一四人とあり、漢方医が六割強を占めていた。 　福井県における西洋医育成機関としては、八年に私立済世館を改めて設置された公立医学所があった。同所は十二年に金沢医学所に合併されたが、翌十三年再び福井医学所が福井病院内に設置された。そして福井医学所は、十四年、福井病院附属医学教場と改称され、さらに十七年には福井医学校となったが、二十一年廃止された。 　ところで、政府が西洋医術の普及につとめる一方で、民衆の間ではまだまだ旧来の民間療法が幅をきかせていた。十年に石川県は無免許の者が医師に紛らわしい業をなすことを禁止することを甲第一一二番で布達し、滋賀県においても十二年、無免許の者が患者に薬をあたえたり指図することを禁止する旨を甲第六号で布達しているのは、そのことを示唆するものである。もとより多くの貧しい人びとにとって医師にかかることは困難なことであり、彼らが正規の医師にかからずに、民間療法に依存するのも自然のなりゆきであった。したがって、政府にとってこうした民衆をいかに「開化」させるかが、主要な課題となるのであり、それは伝染病の流行という緊急事態に際してより強調されることになる。